พันธกิจในการจัดฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขารังสีรักษาและมะเร็งวิทยาคือ เพื่อตอบสนองความต้องการของระบบสาธารณสุขประเทศในการผลิตแพทย์ที่มีความรู้ความชำนาญในการใช้รังสีรักษาเพื่อรักษาผู้ป่วย ด้วยวิธีการฉายรังสีเทคนิคต่างๆและการใส่แร่ มีความเข้าใจหลักการทางฟิสิกส์รังสีและชีววิทยารังสีสามารถเข้าใจและนำความรู้ไปประยุกต์ใช้ในการรักษาผู้ป่วย มีความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับโรคมะเร็งและแนวทางการรักษามะเร็ง สามารถทำงานร่วมกับสหสาขาวิชาชีพอื่นๆ ได้แก่ พยาบาล นักฟิสิกส์รังสี นักรังสีเทคนิค แพทย์อายุรศาสตร์โรคมะเร็ง และบุคลากรอื่นๆ ในการดูแลให้การวินิจฉัยและรักษาผู้ป่วยอย่างมีประสิทธิภาพโดยมีผู้ป่วยเป็นศูนย์กลาง เพื่อพัฒนาคุณภาพและผลการดูแลรักษาผู้ป่วยมะเร็งในประเทศไทยให้ดียิ่งขึ้นและได้มาตรฐานสากล รวมทั้งสามารถผลิตงานวิจัยและสร้างองค์ความรู้ใหม่ที่เป็นประโยชน์ต่อวิชาชีพในบริบทของระบบสาธารณสุขไทย